Кафедра системного анализа и автоматического управления (кафедра САиАУ) создана в 1992 году в составе механико-математического факультета Саратовского государственного университета в связи со значительным увеличением в нашей стране потребности в специалистах по системному анализу и исследованию операций. В 2002 году кафедра вошла в состав организованного в 2000 году факультета компьютерных наук и информационных технологий. Кафедра САиАУ до 2015 года обеспечивала подготовку по специальности "Прикладная математика и информатика" (специализация "Исследование операций и системный анализ"). С 2014 года кафедра ведет подготовку бакалавров по направлению "Системный анализ и управление" (профиль "Системный анализ и исследование операций"). С момента создания в течение 25 лет кафедру возглавлял доктор технических наук, профессор Ю. И. Митрофанов. В настоящее время заведующим кафедрой является кандидат физико-математических наук, доцент И. Е. Тананко. Почти все сотрудники кафедры САиАУ окончили Саратовский государственный университет по специальности «прикладная математика и информатика» и являются выпускниками данной кафедры.
Кафедра обеспечивает учебный процесс по всем дисциплинам, соответствующим направлениям ее учебной деятельности, включая все составляющие процесса (лекции, семинарские и практические занятия, лабораторные работы и пр.). Ее сотрудники разрабатывают учебно-методическое обеспечение по соответствующим дисциплинам (программы курсов, учебные и методические пособия и пр.), руководят выполнением курсовых и выпускных квалификационных работ студентов.
Наряду с учебно-методической работой сотрудники кафедры САиАУ выполняют фундаментальные и прикладные научные исследования по научным направлениям кафедры по темам, включенным в тематический план НИР Саратовского государственного университета. Процесс повышения сотрудниками кафедры своей научной квалификации, кроме учебы в аспирантуре, активного участия в работе кафедрального научно-методического семинара, участия в работе научных школ, конференций и других мероприятиях, обязательно включает также подготовку и защиту диссертаций на соискание ученых степеней.
