Модель липопротеина высокой плотности была построена методом самосборки в водной среде при Т=310 К из 300 крупнозернистых моделей фосфолипидных молекул типа DPPC (Dipalmitoylphosphatidylcholine) и двух поясов липопротеинов, каждый из которых составлен из 1100 укрупненных частиц (зерен) протеинов [статья].
Самосборка проводилась в два этапа.
- На первом этапе было собрано в рамках крупнозернистой модели фосфолипидное ядро. Оно собиралось в воде в течение 7,5 нс. Ядро представляло собой сфероид размером ~10 нм. При этом в процессе сборки в водной среде 8 фосфолипидных молекул не вошли в состав ядра, оставшись свободными в воде.
- На втором этапе два липопротеиновых пояса самозакручивались вокруг фосфолипидного ядра с последующим образованием липопротеина высокой плотности.
- https://rutube.ru/video/b29e495e11a615ac9125a50db2512b0b/
