3 ноября на биологическом факультете состоялся семинар, посвященный использованию биоинформатики в научных исследованиях специалиста-биолога. Вел семинар выпускник СГУ 2009 года (кафедра биохимии и биофизики) к.б.н.Александр Демин.
На семинар были приглашены заинтересованные преподаватели факультета и сотрудники НИИ Саратова, аспиранты, магистранты, студенты-биологи и биоинженеры-биоинформатики 5 курса.
Благодаря возможности выхода в Интернет,Александр Геннадьевич в увлекательной интерактивной форме рассказал о работе с базой данных GenBank, отвечая на конкретные вопросы аудитории с их визуализацией на интерактивной доске. В частности, он реконструировал молекулярно-филогенетические связи некоторыхбактерий, птиц и рептилий, рассказывал о проблемах с представленными в базе нуклеотидными последовательностями, которые могут быть аннотированы некорректно. Так, в сиквенсах генов рибосомальных РНК курицы, чей геном был третьим полностью секвенированным геномом эукариот, были найдены последовательности, принадлежащие рептилиям и аннотированные как куриные по ошибке. Кроме того, даже в представленных в открытом доступе геномах различных видов есть отдельные “несобранные” участки, которые можно с успехом «достраивать», используя метод комплементарности и различные современные математические программы.
На следующем семинаре, который запланирован 17 ноября, Александр Демин расскажет о последних инновациях в биоинформатике и ответит на вопросы аудитории.
Немного из биографии докладчика и руководителя семинара. Александр Демин получил первый практический опыт работы с ДНК в лаборатории молекулярной биологии биофака СГУ, куда он пришел, не дожидаясь распределения по кафедрам, будучи студентом первого курса. Быстро освоил различные методы изоляции ДНК из разных источников, метод ПЦР, рестрикционного анализа ДНК, секвенирования и др. Выполнил и защитил дипломную работу по молекулярной филогенетике комаров-звонцов (науч. рук. доц., к.б.н. В.А. Великов, науч. конс., доц. СГМУ д.б.н. Н.В. Полуконова). Кроме работы над своим дипломом активно участвовал в работах по договору с Центром перспективных медицинских технологий (Москва) по молекулярной диагностике психических расстройств, других работах. Это не только не помешало, а скорее помогло ему защитить диплом на “отлично”. Он продолжил развивать научную тематику и с успехом защитил через 3 года кандидатскую работу «Анализ эволюционной изменчивости гена COI и его использование для филогении и систематики таксонов с высоким видовым разнообразием на примере комаров-звонцов подсемейства Chironominae» по специальности Генетика (под руководством проф. Н.В. Полуконовой). Позднее прошел конкурсный отбор на постдок на биофак СПбГУ с 2014 по 2016 г. и работал по теме - "Реализация наследственной информации в развитии многоклеточных: сравнительный анализ взаимоотношений ооцит-фолликул в оогенезе" влаборатории структуры и функций хромосом. Позднее работал ведущим специалистом Научного Парка СПБГУ в ресурсном центре "Хромас". Сейчас в рамках членства в Санкт-Петербургском Союзе Ученых (СПбСУ) занимается изучением структуры и эволюции спейсерных последовательностей рибосомных повторов завропсид.
