Будучи студентом второго курса, А.Г. Маникин начинает заниматься научной деятельностью под руководством профессора кафедры минералогии и петрографии Ольги Павловны Гончаренко, исследует условия образования солей в пермское время.
В 2005 году, окончив геологический факультет Саратовского государственного университета им. Н.Г.Чернышевского по специальности «Гидрогеология и инженерная геология» с красным дипломом, Алексей Геннадьевич под руководством профессора кафедры Минералогии и петрографии О.П. Гончаренко поступил в очную аспирантуру СГУ. В это же время молодой ученый меняет научные интересы, и основные его исследования направлены на изучение минералогии юрских и меловых отложений Поволжья. В этот момент Алексей Геннадьевич уже является сотрудником учебно-научной лаборатории Петрофизики СГУ, принимает участие в научно-исследовательских экспедициях лаборатории по комплексному изучению юры-мела Поволжья.
С ноября 2006г. Алексей Геннадьевич занимал должность ассистента кафедры Общей геологии и полезных ископаемых геологического факультета СГУ, с декабря 2010 г. А.Г. Маникин – доцент кафедры и ответственный за научную работу на геологическом факультете.
24 апреля 2009 года А.Г. Маникиным под руководством О.П.Гончаренко была успешно защищена кандидатская диссертация по теме "Закономерности изменения терригенно-минералогического состава пограничных отложений юры и мела Среднерусского моря". Специальность 25.00.01 - общая и региональная геология.
В настоящее время Алексей Геннадьевич успешно продолжает свою преподавательскую деятельность, ведет полевую летнюю практику (Саратовский, Уральский полигоны) и лабораторные занятия по общей геологии у студентов 1го курса, а также «Экзогенные процессы» и «Геологоразведочное дело» у студентов 3-4го курсов геологического факультета.
Алексей Геннадьевич неоднократно участвовал в научных конференциях, экспедициях, является автором более чем 20 публикаций по проблемам изучения юрских и меловых отложений Поволжья, а также пермских отложений Прикаспия.
