Кафедра математической кибернетики СГУ была создана в 1978 году по инициативе ректора университета профессора А.М. Богомолова, который и возглавлял её до 1994 года. Основной задачей кафедры являлось обеспечение преподавания дисциплин, относящихся к области программирования, алгоритмических языков, базам данных, систем обработки данных, а также теории автоматов, методом математического моделирования дискретных систем и их приложением к различным областям, в том числе технической диагностике.
Основу кафедры составили высококвалифицированные специалисты в области кибернетики (профессора А.М. Богомолов, В.М. Гурьянов, В.А. Твердохлебов) а также преподаватели, имеющие, большой опыт преподавания, дисциплин компьютерного цикла (доценты В.В. Амельченко, Б.В. Коробов). В последствии по инициативе А.М. Богомолова были созданы другие родственные кафедры, в том числе кафедры дискретной математики, теоретических основ информатики, системного анализа и автоматического управления, которые возглавили сотрудники кафедры МК доктора наук В.А. Твердохлебов, А.А. Сытник, Ю.И. Митрофанов.
С 1995 года кафедру возглавлял ученик А.М. Богомолова профессор Д.В.Сперанский. В этом же году кафедра была переименована (к названию добавлена приставка «…и компьютерных наук»), чтобы более точно отображать её направленность.
При кафедре с момента её образования ведется подготовка кадров через аспирантуру, для чего, благодаря усилиям А.М.Богомолова, при СГУ открылся диссертационный совет по специальности «Дискретная математика и математическая кибернетика».
Стоит отметить, что на кафедре с момента её образования и до 1994 года работал выдающийся ученый и организатор науки доктор технических наук, профессор, заслуженный деятель науки РФ академик РАЕН и академик доктор технических наук международной академии наук высшей школы (МАН ВШ) А.М. Богомолов, создавший научную школу в области кибернетики, и подготовивший научную школу в области кибернетики, и подготовивший девяти докторов и более тридцати кандидатов наук.
